处理APP乱扣费问题，通常由多个部门共同负责。以下是可能涉及的部门：
1. 工信部：工业和信息化部（简称工信部）负责监管通信行业，包括电信、移动、联通等运营商，以及APP开发商。工信部会定期发布关于通信资费和APP收费的指导意见和政策，要求各运营商和APP开发商遵守相关规定，合理设定收费标准。如果发现有APP乱扣费行为，工信部会进行调查并依法进行处理。
2. 国家市场监督管理总局：国家市场监督管理总局（简称市场监管总局）负责全国范围内的反垄断和反不正当竞争工作。如果APP存在乱扣费行为，市场监管总局会介入调查，看是否存在垄断行为或者不正当竞争行为。如果存在，会依法进行处理。
3. 消费者协会：消费者权益保护组织，如中国消费者协会，会关注消费者的投诉和举报，对APP乱扣费行为进行调查和维权。消费者协会会根据相关法律法规，为消费者提供法律援助和支持。
4. 网络平台：对于一些大型的电商平台、应用商店等，也会对APP乱扣费行为进行审查和监督。平台会对APP开发者提交的收费项目进行审核，确保其合法性和合理性。如果发现有乱扣费行为，平台会及时通知用户，并采取措施进行处理。
5. 法律机构：当APP乱扣费行为涉嫌违法时，可以向公安机关报案，由公安机关进行侦查。此外，还可以通过民事诉讼途径解决乱扣费问题，向法院提起诉讼，要求APP开发商退还多收的费用。
总之，处理APP乱扣费问题需要多部门的协同合作，包括工信部、市场监管总局、消费者协会、网络平台和法律机构等。这些部门会从不同角度对乱扣费行为进行调查和处理，以确保消费者的合法权益得到保障。
