软件公司的进项抵扣后退税操作流程通常涉及以下几个步骤：
1. 了解政策：首先，企业需要了解国家对于软件公司增值税的相关政策，包括哪些项目可以作为进项税额抵扣，以及哪些情况可以进行退税。
2. 记录和申报：企业需要对所有的进项税额进行详细的记录和申报，确保所有相关的费用都能够被正确地计入成本，并按照规定的时间和要求进行申报。
3. 申请退税：当企业的进项税额超过了其应纳税额时，企业可以向税务机关申请退税。这通常需要提供一些证明文件，如发票、合同等，以证明企业的进项税额是合理的。
4. 审核和确认：税务机关会对企业的申请进行审核，确认其进项税额是否合理，是否符合退税的条件。如果审核通过，税务机关会退还这部分税款。
5. 税务处理：企业在收到退税后，还需要进行税务处理，包括缴纳相应的税费，或者将这部分税费用于其他用途。
具体操作过程可能因地区和政策的不同而有所差异，建议企业咨询专业的税务顾问或会计师，以确保符合当地的规定。
