企业软件研发支出的计费方式因地区、行业以及具体软件产品而异，但通常有以下几种常见的计费方式：
1. 按项目计费：这是最常见的计费方法，即根据项目的实际开发成本和工作量来计费。这种方式适用于需要长期合作的大型项目，如定制软件或系统集成项目。费用通常包括人力成本、软硬件成本、培训成本等。
2. 按功能点计费：这种计费方法将整个软件系统划分为若干个功能模块，然后根据每个功能模块的开发难度和工作量来计算费用。这种方式适用于小型项目或短期合作，因为可以根据实际需求灵活调整功能模块。
3. 按时间计费：这种计费方法按照项目的开发周期来计算费用。例如，如果一个项目从开始到结束需要6个月，那么每个月的费用就是项目的总费用除以6个月。这种方式适用于项目周期较短的项目，如快速原型开发或迭代开发。
4. 按服务级别计费：这种计费方式根据企业的服务等级协议（SLA）来设定费用。例如，如果企业与服务提供商约定，在SLA中规定的时间内完成软件开发，那么服务提供商就可以根据这段时间内完成的工作量来计算费用。这种方式适用于对服务质量有较高要求的企业。
5. 混合计费：有些企业可能会采用混合计费方式，即结合以上几种计费方法，根据实际情况选择合适的计费方式。例如，对于大型项目，可以选择按项目计费；对于小型项目，可以选择按功能点计费；对于需要长期合作的项目，可以选择按时间计费；对于对服务质量有较高要求的企业，可以选择按服务级别计费。
总之，企业软件研发支出的计费方式应根据项目的实际情况和企业的预算来决定。在选择计费方式时，企业应充分考虑项目的特点、合作方的要求以及自身的财务状况，以确保选择最合适的计费方式。
