软件服务费超过6000元，需要按照以下步骤进行入账：
1. 确认收入：首先，需要确认这笔软件服务费是否已经收到款项。可以通过银行转账、现金支付等方式确认。
2. 开具发票：如果已经收到款项，需要向客户开具发票。发票上应注明软件服务费的金额、服务内容、开票日期等信息。
3. 记账凭证：根据发票和收款凭证，填写记账凭证。记账凭证上应注明收款人、收款金额、收款日期等信息。
4. 录入会计科目：将记账凭证录入会计科目。在软件服务费项目中，应计入“管理费用”或“销售费用”等相应科目。
5. 审核记账：将记账凭证和会计科目录入后，进行审核。审核无误后，进行记账操作。
6. 编制财务报表：根据记账凭证和会计科目，编制财务报表。财务报表中应包括软件服务费的收入、成本、利润等相关信息。
7. 税务申报：根据财务报表，进行税务申报。税务申报包括增值税、企业所得税等。
8. 财务报告：将税务申报结果和财务报表整理成财务报告，报送给上级领导或相关部门。
9. 存档备查：将财务报告和相关凭证进行存档备查，以备日后查阅。
总之，超过6000元的软件服务费入账需要遵循以上步骤，确保资金流动和财务管理的准确性和合规性。
