软件开发费收入可以申请软件退税。根据国家税务总局关于发布《企业所得税优惠政策事项办理办法》的公告（2018年第45号），企业从事软件开发销售活动，符合条件的可以按照90%的税率征收企业所得税。此外，根据财政部、税务总局、海关总署和国家药品监督管理局发布的《关于深化医药卫生体制改革推进药品价格改革的意见》（财税〔2015〕26号）规定，自2017年1月1日起至2020年12月31日止，对增值税一般纳税人销售其自行开发的软件产品，按13%的税率征收增值税后，对其增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退政策。
因此，如果您的公司从事软件开发销售活动，并且符合上述条件，那么您就可以申请软件退税。具体操作流程如下：
1. 首先，您需要向主管税务机关提交一份书面申请，说明您的退税理由和依据。
2. 然后，您需要提供相关的证明材料，如软件产品的开发合同、发票、收款凭证等。
3. 最后，您需要等待主管税务机关审核您的申请，如果审核通过，您就可以享受软件退税政策了。
需要注意的是，不同国家和地区的税收政策可能有所不同，因此在申请软件退税时，请务必咨询当地的税务专家或机构，以确保您的退税申请符合当地的规定。
