在事业单位进行软件开发时，发票的处理需要遵循一定的会计原则和规定。根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，发票应当按照以下科目进行入账：
1. 收入类科目：对于销售商品、提供劳务等经营活动产生的收入，应当计入“主营业务收入”科目。具体来说，如果软件产品是作为商品销售的，那么销售收入应计入“主营业务收入”科目；如果是提供服务的，则应计入“其他业务收入”科目。
2. 成本类科目：软件开发过程中发生的成本，如人工费、材料费、折旧费等，应当计入“主营业务成本”、“其他业务成本”等科目。具体来说，如果软件产品的研发过程中涉及到人工费用，那么研发费用应计入“研发支出”科目；如果使用了特定的软件工具或设备，那么相关费用应计入“无形资产”科目。
3. 税金及附加：根据国家税收政策，软件产品的销售可能需要缴纳增值税、企业所得税等税费。这些税费应当计入“应交税费”科目。
4. 管理费用类科目：软件开发过程中可能产生的管理费用，如办公费、差旅费、培训费等，应当计入“管理费用”科目。
5. 财务费用类科目：软件开发过程中可能产生的财务费用，如利息支出、汇兑损益等，应当计入“财务费用”科目。
6. 其他相关科目：根据具体情况，还可能涉及其他一些科目，如“投资收益”、“资产处置损益”等。
总之，在进行软件开发时，发票的处理需要遵循上述会计原则和规定，确保会计信息的准确性和完整性。同时，还需要关注国家税收政策的变化，及时调整会计处理方式，以适应税务部门的要求。
