定制仓库管理系统的会计处理主要涉及以下几个科目：
1. 固定资产：对于定制的仓库管理系统，如果其价值较大，可以将其视为固定资产。在会计期间结束时，需要对其进行折旧计算，以反映其价值的减少。
2. 无形资产：如果定制的仓库管理系统具有独特的功能或技术，可以将其视为无形资产。在会计期间结束时，需要进行摊销，以反映其价值的减少。
3. 管理费用：定制仓库管理系统的开发和维护需要投入一定的人力、物力和财力。因此，这部分费用可以计入管理费用。
4. 销售费用：如果定制的仓库管理系统是作为产品销售给客户的，那么这部分费用可以计入销售费用。
5. 其他业务成本：如果定制的仓库管理系统涉及到其他业务活动，如提供技术支持、培训等，那么这部分费用可以计入其他业务成本。
6. 投资收益：如果定制的仓库管理系统是通过投资获得的，那么这部分收益可以计入投资收益。
7. 营业外收入：如果定制的仓库管理系统为企业带来了额外的收入，如版权费、专利费等，那么这部分收入可以计入营业外收入。
8. 营业外支出：如果定制的仓库管理系统为企业带来了额外的支出，如维护费、升级费等，那么这部分支出可以计入营业外支出。
9. 主营业务成本：如果定制的仓库管理系统是企业的主要业务之一，那么这部分成本可以计入主营业务成本。
10. 其他业务成本：如果定制的仓库管理系统涉及到其他业务活动，如提供技术支持、培训等，那么这部分成本可以计入其他业务成本。
总之，定制仓库管理系统的会计处理需要根据具体情况进行判断，并选择合适的科目进行核算。同时，也需要定期对系统进行评估，以确保其价值得到合理体现。
