POS机刷卡和扫码支付的手续费差异主要源于以下几个原因：
1. 交易成本：刷卡支付需要通过银行或支付公司的清算系统，这个过程涉及到一定的手续费。而扫码支付则直接通过手机应用进行交易，无需经过清算系统，因此交易成本较低。
2. 技术实现：刷卡支付需要POS机、银行卡等硬件设备，这些设备的采购和维护成本较高。而扫码支付只需要手机、二维码等软件和硬件，成本相对较低。
3. 安全性：刷卡支付可以有效防止伪造银行卡的风险，而扫码支付虽然也有安全措施，但相对于刷卡支付来说，其安全性稍逊一筹。
4. 用户体验：刷卡支付需要用户手动输入金额和密码，操作繁琐；而扫码支付则只需扫描二维码，操作简单快捷，用户体验更好。
5. 市场推广：由于扫码支付在市场推广方面投入较少，其市场份额相对较小，因此支付公司为了提高利润，可能会对扫码支付收取更高的手续费。
6. 政策因素：各国政府对于支付行业的监管政策不同，可能会导致支付公司对不同支付方式的手续费进行调整。
7. 竞争压力：随着移动支付的普及，越来越多的消费者开始使用手机支付，这给传统POS机支付带来了巨大的竞争压力，迫使支付公司提高手续费以吸引用户。
8. 行业惯例：在一些国家和地区，POS机支付的手续费已经形成了一种行业惯例，而扫码支付则相对较少涉及。
综上所述，POS机刷卡比扫码的手续费贵是由于多种因素的综合作用。随着移动支付技术的不断发展，未来POS机支付和扫码支付的手续费可能会逐渐趋于一致。
