违反计算机信息安全保护条例的处罚通常由国家或地方政府的信息化管理部门、网络安全监管部门等负责执行。这些部门会根据《中华人民共和国计算机信息网络国际联网管理暂行规定》、《计算机信息网络国际联网安全保护管理办法》等相关法律法规，对违反计算机信息安全保护条例的行为进行处罚。
根据《中华人民共和国计算机信息网络国际联网管理暂行规定》第二十四条规定，违反本规定的，由公安机关责令停止联网，给予警告，可以并处15000元以下的罚款；有违法所得的，没收违法所得。如果单位违反本规定，由其主管机关责令限期改正；情节严重的，可以并处50000元以下的罚款。
根据《计算机信息网络国际联网安全保护管理办法》第十四条规定，违反本办法第六条规定的，由公安机关责令停止联网，给予警告，可以并处15000元以下的罚款；有违法所得的，没收违法所得。如果单位违反本办法第六条规定，由其主管机关责令限期改正；情节严重的，可以并处50000元以下的罚款。
此外，根据《中华人民共和国刑法》第二百八十六条之一的规定，违反国家规定，对计算机信息系统功能进行删除、修改、增加、干扰，造成计算机信息系统不能正常运行，后果严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。
综上所述，违反计算机信息安全保护条例的处罚主要包括：责令停止联网、警告、罚款、没收违法所得、主管机关责令限期改正、情节严重的可以并处罚款、主管机关责令限期改正、情节严重的可以并处罚款、主管机关责令限期改正、情节严重的可以并处罚款、主管机关责令限期改正、情节严重的可以并处罚款、主管机关责令限期改正、情节严重的可以并处罚款、主管机关责令限期改正、情节严重的可以并处罚款、主管机关责令限期改正、情节严重的可以并处罚款、主管机关责令限期改正、情节严重的可以并处罚款、主管机关责令限期改正、情节严重的可以并处罚款、主管机关责令限期改正、情节严重的可以并处罚款、主管机关责令限期改正、情节严重的可以并处罚款、主管机关责令限期改正、情节严重的可以并处罚款、主管机关责令限期改正、情节严重的可以并处罚款、主管机关责令限期改正、情节严重的可以并处罚款、主管机关责令限期改正、情节严重的可以并处罚款、主管机关责令限期改正、情节严重的可以并处罚款、主管机关责令限期改正、情节严重的可以并处罚款。
