违反计算机信息系统保密管理暂行规定的处理方式通常涉及以下几个方面：
1. 警告和教育：首先，相关部门会对违规者进行警告，并要求其对所犯错误进行深刻反思。同时，会组织相关培训，提高员工对于信息安全的认识和保密意识。
2. 行政处分：根据违规行为的严重程度，可能会给予口头警告、书面警告、停职检查、降职、解聘等行政处分。
3. 经济处罚：对于造成经济损失的违规行为，可能会处以罚款，金额根据违规行为的性质和造成的损失来确定。
4. 刑事责任：如果违规行为涉嫌犯罪，如泄露国家秘密、商业机密等，可能会追究其刑事责任。
5. 记录档案：所有违规行为都会被记录在员工的个人档案中，作为日后晋升、调岗、评优等的重要参考。
6. 公开通报：在某些情况下，为了警示其他员工，可能会将违规者的姓名、职务、违规行为等信息公之于众，通过内部通报或媒体曝光的方式进行处理。
7. 整改措施：对于存在安全隐患的系统或部门，相关部门会要求其立即采取整改措施，防止类似事件再次发生。
8. 加强监管：为了防止类似事件的发生，相关部门会加强对计算机信息系统的监管，定期进行安全检查，确保各项安全措施得到有效执行。
9. 完善制度：通过对违规事件的分析，相关部门会进一步完善相关的管理制度和操作规程，提高整体的信息安全管理水平。
10. 法律责任：在某些情况下，如果违规行为触犯了相关法律法规，除了上述的行政和刑事处罚外，还可能面临法律责任。
总之，违反计算机信息系统保密管理暂行规定的处理方式是多方面的，旨在通过教育和惩罚相结合的方式，提高员工的安全意识和遵守规定的行为习惯，从而维护信息系统的安全和稳定。
