侵入非法控制计算机信息系统程序工具罪是指违反国家规定，侵入国家事务、国防建设、尖端科学技术领域的计算机信息系统的行为。根据《中华人民共和国刑法》第二百八十五条之四的规定，犯此罪的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
在本案中，被告人李某利用其掌握的技术手段，侵入了某公司的重要计算机信息系统，非法获取了大量的商业秘密和客户信息。这种行为严重侵犯了该公司的商业利益和客户权益，给公司造成了巨大的经济损失。同时，李某的行为也触犯了刑法规定，构成了侵入非法控制计算机信息系统程序工具罪。
在审理过程中，法院依法对李某进行了审判。根据李某的犯罪事实、性质、情节和社会危害程度，法院依法判处李某有期徒刑二年六个月，并处罚金人民币十万元。同时，法院还责令李某赔偿被害单位的经济损失，并承担相应的民事责任。
本案的判决结果充分体现了我国法律对于维护国家安全、保护公民个人信息安全的决心和力度。通过严厉打击此类犯罪行为，可以有效防止类似事件的再次发生，保障社会经济秩序的稳定和公民的合法权益。同时，也提醒广大网民要增强网络安全意识，遵守法律法规，不从事任何违法网络行为，共同维护网络空间的清朗环境。
