涉密信息系统集成资质管理办法申请流程主要包括以下几个步骤：
1. 准备阶段：首先，企业需要对自身的业务和技术水平进行评估，确定是否具备申请涉密信息系统集成资质的条件。如果条件符合，就可以开始准备申请材料。
2. 提交申请：企业需要向国家保密局提交申请，包括申请表、企业法人营业执照副本、组织机构代码证、税务登记证、企业章程、企业法人代表身份证明、技术人员的职称证书、技术成果证明等材料。
3. 审核阶段：国家保密局会对企业的申请材料进行审核，主要看企业的技术实力、管理水平、保密制度等方面是否符合要求。如果审核通过，就会发放《涉密信息系统集成资质证书》。
4. 领取证书：企业收到《涉密信息系统集成资质证书》后，需要在规定的时间内到指定的地点领取。领取时需要携带相关证明材料，如企业法人代表的身份证明、技术人员的职称证书、技术成果证明等。
5. 维护证书：企业领取到《涉密信息系统集成资质证书》后，需要定期进行年检，以确保其持续符合资质要求。如果发现有不符合要求的情况，需要及时整改，否则可能会被撤销资质证书。
6. 遵守规定：企业在获得资质后，还需要严格遵守相关的法律法规和管理规定，确保其在从事涉密信息系统集成工作时，能够有效地保护国家秘密。
以上就是涉密信息系统集成资质管理办法申请流程的全部内容。需要注意的是，不同地区可能有不同的具体要求和流程，企业在申请时需要根据实际情况进行调整。
