开票系统服务费的增值税专用发票（普票）是可以抵扣的。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十四条规定，纳税人取得的增值税专用发票上注明的税额，准予从销项税额中抵扣。
开具开票系统服务费的增值税专用发票时，需要遵循以下步骤：
1. 确定税率：根据国家税务局的规定，开票系统服务费的税率一般为6%。
2. 填写发票信息：在发票上填写购买方的名称、地址、电话、开户行及账号等信息，以及服务内容、金额、税率等相关信息。
3. 选择发票类型：根据实际需求，选择增值税专用发票或普通发票。如果需要开具增值税专用发票，可以选择“增值税专用发票”选项；如果只需要开具普通发票，可以选择“普通发票”选项。
4. 确认发票内容：核对发票上的金额、税率、税种等信息是否正确无误。
5. 提交申请：将填写好的发票信息提交给税务机关进行审核。
6. 获取发票：税务机关审核通过后，会为购买方开具增值税专用发票或普通发票。购买方收到发票后，可以将其作为抵扣进项税额的凭证。
需要注意的是，开具增值税专用发票时，必须确保发票上的信息与实际交易相符，否则可能面临税务部门的处罚。同时，购买方在取得发票后，应及时进行认证和抵扣，以免影响税收优惠政策的享受。
