会计信息系统未通过工作检查是一个重要的问题，需要认真对待。以下是处理这一问题的步骤和建议：
1. 确认检查结果：首先，需要确认检查报告的内容和结果。了解未通过的具体原因，例如系统功能不完善、数据准确性问题、操作流程不符合规定等。
2. 分析原因：针对未通过的原因进行分析，找出问题的根源。可能是系统设计不合理、数据录入错误、用户操作不当或其他外部因素。
3. 制定改进计划：根据分析结果，制定具体的改进计划。这可能包括优化系统功能、加强数据审核、提供培训和指导、改进操作流程等。
4. 实施改进措施：按照改进计划，逐步实施各项措施。在实施过程中，要确保每个环节都符合要求，避免再次出现类似问题。
5. 跟踪效果：在实施改进措施后，要定期跟踪其效果，确保问题得到解决。可以通过重新进行工作检查来验证改进措施的效果。
6. 持续改进：将改进措施纳入日常管理中，形成持续改进的机制。定期回顾和评估系统的运行情况，及时发现并解决问题。
7. 沟通与反馈：与相关人员保持沟通，及时反馈改进措施的实施情况和效果。鼓励员工提出意见和建议，共同推动系统的不断完善。
8. 培训与教育：加强对员工的培训和教育，提高他们的业务水平和操作技能。确保他们能够正确使用会计信息系统，减少人为错误。
9. 建立完善的管理制度：建立健全的管理制度，明确职责分工、操作流程和考核标准。通过制度约束和激励，促进员工遵守规范，提高工作效率。
10. 强化监督与考核：加强对会计信息系统工作的监督和考核，确保各项工作落实到位。对于违反规定的行为要及时纠正，并对相关责任人进行处罚。
总之，会计信息系统未通过工作检查是一个需要认真对待的问题。通过上述步骤和建议，可以有效地解决这一问题，提升会计信息系统的工作质量和效率。
