软件系统无形资产认证机构主要包括以下几类：
1. 国家认定的软件企业：这些企业通常具有较高的技术水平和市场竞争力，能够为软件系统提供高质量的产品和服务。国家认定的软件企业需要通过国家相关部门的审核和认证，才能获得相应的资质证书。
2. 行业协会或专业机构：一些行业协会或专业机构也承担着软件系统无形资产认证的任务。这些机构通常具有丰富的行业经验和专业知识，能够对软件系统的技术、质量、安全性等方面进行全面评估，并出具权威的认证报告。
3. 第三方认证机构：随着市场的不断发展，越来越多的第三方认证机构开始涉足软件系统无形资产认证领域。这些机构通常具有较强的技术实力和专业背景，能够为客户提供全面、客观、公正的认证服务。
4. 企业内部审计部门：一些大型企业的内部审计部门也承担着软件系统无形资产认证的任务。这些部门通常具备专业的技术知识和经验，能够对企业的软件系统进行详细的审查和评估，并提出改进建议。
5. 政府监管部门：政府部门在软件系统无形资产认证方面也发挥着重要作用。政府监管部门通过对企业的软件系统进行定期检查和评估，确保企业的软件系统符合相关的法律法规和技术标准，保障软件系统的质量和安全。
总之，软件系统无形资产认证机构主要包括国家认定的软件企业、行业协会或专业机构、第三方认证机构、企业内部审计部门以及政府监管部门等。这些机构在软件系统无形资产认证方面各具特色，共同为软件系统的健康发展提供了有力的支持。
