软件二次开发是指对已有软件进行修改、扩展或增强，以满足特定需求的过程。在申请著作权时，需要遵循以下步骤：
1. 确定著作权类型：根据软件的性质和功能，确定其著作权类型。一般来说，软件著作权分为计算机软件著作权和实用艺术作品著作权两种类型。计算机软件著作权适用于源代码、目标代码、可执行程序等；实用艺术作品著作权适用于图形、图案、文字等。
2. 准备著作权申请材料：根据著作权类型的不同，准备相应的申请材料。对于计算机软件著作权，需要提供软件源代码、目标代码、可执行程序等；对于实用艺术作品著作权，需要提供图形、图案、文字等作品的样本。
3. 提交著作权申请：将准备好的著作权申请材料提交给相应的著作权管理部门。一般来说，软件著作权申请可以通过在线申请、邮寄申请或现场申请等方式进行。
4. 缴纳著作权申请费用：根据著作权类型的不同，缴纳相应的著作权申请费用。计算机软件著作权申请费一般在几百元至几千元之间；实用艺术作品著作权申请费一般在几十元至几百元之间。
5. 等待著作权审批：提交著作权申请后，需要等待著作权管理部门的审批。审批时间因地区和部门而异，一般需要几个月到一年不等。在此期间，可以关注著作权管理部门的通知，了解申请进度。
6. 领取著作权证书：在著作权审批通过后，可以前往著作权管理部门领取著作权证书。著作权证书是证明软件著作权归属的重要文件，具有法律效力。
7. 维护著作权权益：在获得著作权证书后，需要定期续期，确保著作权的有效性。同时，要密切关注著作权相关法律法规的变化，及时调整著作权策略，维护自身权益。
总之，软件二次开发申请著作权需要遵循一定的流程，包括确定著作权类型、准备申请材料、提交申请、缴纳费用、等待审批、领取证书以及维护著作权权益等环节。在整个过程中，需要注意遵守相关法律法规，确保著作权的合法性和有效性。
