当软件公司收到的进项发票数量少于实际采购金额时，需要按照会计原则进行账务处理。以下是一些步骤和建议：
1. 确认问题：首先，需要确认发票数量不足的原因。可能是供应商开具的发票错误、漏开或者故意少开，或者是在采购过程中出现了问题。
2. 收集证据：收集所有相关的发票、合同、采购订单、收货单据等证据，以便在后续的沟通和解决过程中有据可依。
3. 与供应商沟通：与供应商进行沟通，了解发票数量不足的具体原因。如果是因为供应商的错误，可以要求其更正或重新开具正确的发票。如果是由于其他原因，如物流延迟等，需要与供应商协商解决方案。
4. 调整账务记录：根据实际采购金额和已收到的发票金额，调整公司的账务记录。如果实际采购金额大于发票金额，需要在账上做相应的减少；如果发票金额大于实际采购金额，则需要在账上做相应的增加。
5. 调整财务报表：根据调整后的账务记录，更新公司的财务报表，包括资产负债表、利润表等。
6. 税务处理：如果发票数量不足涉及到税务问题，需要按照当地税法的规定进行处理。可能需要补缴税款或者申请退税。
7. 内部控制：分析此次事件的原因，评估是否需要加强内部控制措施，以防止类似问题再次发生。
8. 记录和归档：将所有与此事相关的文件和记录进行归档，以备未来参考。
9. 法律咨询：如果涉及法律问题，如发票诈骗等，可能需要咨询律师，了解法律责任和应对策略。
10. 持续监控：建立持续监控机制，定期检查供应商的发票开具情况，确保今后能够及时准确地获取发票。
通过上述步骤，软件公司可以妥善处理进项发票数量不足的问题，并确保账务处理的准确性和合规性。
