在中国，增值税是一种对商品或服务增值部分征收的税种。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》的规定，增值税纳税人销售货物、提供应税劳务、销售服务、无形资产或者不动产时，需要向购买方开具发票，以证明其销售额和相应的税额。
对于软件系统，其销售通常涉及软件开发、维护、咨询服务等服务。因此，可以开具增值税专用发票来抵扣增值税。以下是开具增值税专用发票的一些建议：
1. 确定适用税率：根据软件系统的服务内容和性质，确定适用的增值税税率。例如，如果软件系统提供的是技术服务，税率为6%；如果是软件开发，税率为13%。
2. 计算销售额：根据软件系统的实际销售额（包括硬件设备、软件许可费等）计算销售额。销售额是指纳税人销售货物、提供应税劳务、销售服务、无形资产或者不动产时收取的全部价款和价外费用。
3. 计算税额：根据适用的税率和销售额计算应纳税额。计算公式为：应纳税额 = 销售额 × 税率。
4. 开具增值税专用发票：在收到购买方支付的款项时，向购买方开具增值税专用发票。发票上应注明销售额、税率、税额等信息。
5. 抵扣增值税：购买方在购买软件系统后，可以将取得的增值税专用发票上的税额抵扣其应缴纳的增值税。具体抵扣方法根据当地税务机关的规定执行。
需要注意的是，开具增值税专用发票时，必须确保发票的真实性、合法性和有效性。同时，购买方在使用增值税专用发票进行抵扣时，也需要妥善保管发票，并按照税务机关的要求进行申报和缴纳税款。
