逆向APP开发协议是否违法以及如何处理，需要从法律角度进行分析。首先，根据《中华人民共和国民法典》第一千零一十九条，如果一方未履行合同义务或履行的合同义务不符合约定，则构成违约。在商业活动中，逆向工程可能被视为一种不正当竞争行为，因为它涉及未经授权地获取、使用或修改他人的知识产权。
然而，如果逆向APP开发协议是双方自愿签订的，并且没有违反法律规定，那么它本身并不违法。但是，如果协议中包含了不公平或不合理的条件，或者侵犯了他人的知识产权，那么这些条款可能会被认定为无效。在这种情况下，协议的其他方面仍然有效。
关于处理，如果发现有人违反了逆向APP开发协议，可以通过以下方式处理：
1. 与对方协商解决：尝试通过友好的方式解决问题，避免不必要的纠纷和损失。
2. 寻求法律援助：如果协商无果，可以寻求专业律师的帮助，了解相关法律规定和权益保护。
3. 向有关部门举报：如果认为对方的行为严重损害了自己的合法权益，可以向相关部门举报，要求其介入调查并采取相应措施。
4. 提起诉讼：作为最后的手段，可以选择通过司法途径解决争议。在诉讼过程中，需要提供充分的证据来证明对方的侵权行为，并寻求法院的支持和判决。
总之，逆向APP开发协议是否违法取决于具体条款的内容和适用的法律。在处理此类问题时，应遵循法律法规和商业道德，确保自己的权益得到保障。
