软件开发全部计入研发费用，但并非所有费用都能抵扣。根据《中华人民共和国企业所得税法》规定，企业发生的与生产经营活动有关的合理的支出，包括无形资产的研究开发费、新产品设计费、工艺规程制定费、设备调整费、原材料和动力费、劳动保护费、季节性修理费等，可以作为计算应纳税所得额时的扣除项目。
然而，有些费用是不能抵扣的。例如，企业为取得土地使用权而支付的地价款或出让金、房地产开发公司转让房地产时缴纳的印花税、合同公证费、律师费等，均不能在计算应纳税所得额时扣除。此外，企业为购置房屋而支付的购房价款、契税、交易手续费、维修基金等也不得在计算应纳税所得额时扣除。
还有一些费用虽然可以抵扣，但需要满足一定的条件。例如，企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的50%加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。企业为生产产品、提供劳务而发生的直接人工和其他间接费用，准予在企业所得税前扣除。但是，企业发生的与生产经营活动无关的支出，如广告费、业务宣传费、咨询费等，不得在计算应纳税所得额时扣除。
总之，软件开发部分费用可以计入研发费用并抵扣，但并非所有费用都能抵扣。企业在进行税务筹划时，需要充分了解相关政策规定，确保符合税法要求，避免不必要的税务风险。
