当甲方与乙方在电子合同中约定的内容不一致时，处理这种情况需要遵循一定的法律程序和原则。以下是一些可能的步骤和建议：
1. 核实合同内容：首先，双方应仔细审查电子合同，确认合同中确实存在不一致之处。这包括检查合同条款、附件、签名等是否一致。
2. 沟通协商：如果发现合同不一致，双方应尝试通过友好沟通解决分歧。双方可以就不一致的部分进行讨论，寻求达成共识。
3. 提供证据：在沟通过程中，双方应提供相关证据，以证明合同中的不一致之处。这些证据可能包括电子邮件、聊天记录、第三方声明等。
4. 寻求专业帮助：如果双方无法达成一致，可以考虑寻求第三方的专业帮助。例如，可以咨询律师、法律顾问或仲裁机构，以了解他们对该问题的看法和建议。
5. 提交仲裁申请：如果双方无法通过协商解决合同不一致的问题，可以向仲裁机构提交仲裁申请。仲裁是一种解决争议的非诉讼方式，通常比法院诉讼更快、成本更低。
6. 提交法院诉讼：如果仲裁结果对一方不利，或者双方选择不通过仲裁解决争议，可以将案件提交给法院。法院将根据法律规定和事实情况作出判决。
7. 遵守法律程序：在整个处理过程中，双方都应遵守相关的法律程序和规定。这包括及时提交文件、出庭陈述、遵守法庭纪律等。
8. 记录所有交流：在整个处理过程中，双方应保留所有相关的通信记录和文件，以备后续可能需要的证据使用。
9. 考虑合同变更：如果合同中的不一致是由于误解或错误导致的，双方可以考虑对合同进行适当的修改或补充，以避免未来的纠纷。
10. 学习经验教训：无论结果如何，双方都应从这次经历中吸取教训，改进未来的合同管理和沟通流程。
总之，处理甲方与乙方电子合同不一致的问题需要双方的耐心、沟通和合作。通过遵循上述步骤和建议，双方可以有效地解决分歧，避免不必要的法律纠纷。
