电子合同笔迹鉴定费用的承担者主要取决于合同双方在签订电子合同时所约定的内容。根据《中华人民共和国民法典》第四百六十九条的规定，当事人订立合同可以采用书面形式、口头形式或者其他形式。因此，电子合同作为一种新兴的合同形式，其法律效力和履行方式与纸质合同有所不同。
在电子合同中，如果双方约定了电子签名或电子印章，那么在发生争议时，法院通常会支持电子签名或电子印章的有效性。这是因为电子签名或电子印章具有与纸质签名或印章相同的法律效力，并且可以通过技术手段进行验证。然而，如果双方没有约定电子签名或电子印章，那么在发生争议时，法院可能会对电子合同的有效性持保留态度。
在这种情况下，电子合同笔迹鉴定费用的承担者将取决于双方在签订电子合同时所约定的内容。如果双方约定了电子签名或电子印章，那么费用应由发起方承担；如果双方没有约定电子签名或电子印章，那么费用应由提出异议的一方承担。此外，如果双方约定了电子签名或电子印章的认证机构，那么费用应由该机构承担。
总之，电子合同笔迹鉴定费用的承担者主要取决于双方在签订电子合同时所约定的内容。如果双方约定了电子签名或电子印章，那么费用应由发起方承担；如果双方没有约定电子签名或电子印章，那么费用应由提出异议的一方承担。同时，如果双方约定了电子签名或电子印章的认证机构，那么费用应由该机构承担。
