财政一体化系统会计核算专项经费的独立核算问题，需要从多个角度进行分析。
首先，从会计核算的角度来说，财政一体化系统会计核算专项经费应当独立核算。这是因为财政一体化系统是一个复杂的信息系统，涉及到多个部门和单位的数据交换和处理。为了保证数据的准确性和完整性，需要对各项经费进行独立的核算和管理。这样既可以避免数据重复计算，也可以确保各项经费的合理使用和有效监督。
其次，从财务管理的角度来看，财政一体化系统会计核算专项经费的独立核算也是非常重要的。因为财务管理的核心是资金的有效使用和风险的控制。通过独立的核算，可以更好地监控各项经费的使用情况，及时发现和解决问题，防止财务风险的发生。同时，独立的核算还可以提高财务管理的效率和效果，促进各项经费的合理分配和使用。
再者，从政策执行的角度来看，财政一体化系统会计核算专项经费的独立核算也是必要的。因为政策执行的效果直接关系到政策目标的实现程度。通过独立的核算，可以更准确地评估各项经费的使用效果，为政策制定者提供有力的决策依据。同时，独立的核算还可以确保各项经费的合规性和合法性，防止违规行为的发生。
最后，从审计监督的角度来看，财政一体化系统会计核算专项经费的独立核算同样重要。审计监督是确保各项经费合法、合规、高效使用的重要手段。通过独立的核算，可以更好地发现和纠正问题，提高审计监督的效果。同时，独立的核算还可以增强各方对经费使用的信心，促进各项经费的顺利实施。
综上所述，财政一体化系统会计核算专项经费应当独立核算。这不仅符合会计核算的基本要求，也有利于财务管理、政策执行和审计监督等多方面的工作。因此，各级政府和相关部门应当高度重视并严格执行这一规定，确保各项经费的合理使用和有效监督。
