财政一体化系统会计核算专项经费不独立核算的原因主要有以下几点：
1. 政策规定：根据相关政策规定，财政一体化系统的会计核算专项经费主要用于支持和保障财政一体化系统的正常运行和发展。这些经费的使用和管理受到严格的监管和控制，以确保资金的合理使用和有效管理。因此，将专项经费纳入到财政一体化系统中进行统一核算，可以更好地实现对这些经费的统一管理和监督。
2. 系统整合：财政一体化系统是一个复杂的信息系统，涉及到多个部门和单位的协同工作。将专项经费纳入到财政一体化系统中进行统一核算，可以实现对这些经费的统一管理和监控，提高资金使用的透明度和效率。同时，这也有助于加强各部门之间的沟通和协作，促进财政一体化系统的顺利运行。
3. 数据共享：财政一体化系统需要处理大量的数据信息，包括预算、支出、收入等各个方面的数据。将这些数据纳入到财政一体化系统中进行统一核算，可以实现数据的集中管理和共享，提高数据处理的效率和准确性。此外，这也有助于加强对财政资金的监管，确保资金的安全和合规使用。
4. 成本效益：将专项经费纳入到财政一体化系统中进行统一核算，可以减少重复投入和资源浪费，提高资金使用的效率。通过优化资源配置和提高资金使用效率，可以更好地满足财政一体化系统的需求，推动财政工作的科学化、规范化发展。
5. 风险控制：将专项经费纳入到财政一体化系统中进行统一核算，可以加强对这些经费的监控和管理，及时发现和纠正问题。通过建立健全的风险防控机制，可以有效地防范和化解财政资金管理中的风险，确保财政资金的安全和稳定。
6. 法律法规要求：根据相关法律法规的要求，财政一体化系统的会计核算专项经费需要进行独立核算。这是为了确保资金使用的合法性和合规性，防止资金被挪用或滥用。将专项经费纳入到财政一体化系统中进行统一核算，可以更好地满足法律法规的要求，维护财政资金管理的规范性和公正性。
总之，将财政一体化系统的会计核算专项经费不独立核算的原因主要是政策规定、系统整合、数据共享、成本效益、风险控制以及法律法规要求等多方面因素的综合作用。为了更好地发挥财政一体化系统的作用，需要进一步加强对这些经费的统一管理和监督，确保资金的合理使用和有效管理。
