电子会计凭证管理办法是由财政部制定。根据《中华人民共和国会计法》和财政部的有关规定，电子会计凭证管理办法是为了规范电子会计凭证的管理和使用，提高会计信息的准确性和可靠性，保障国家财政资金的安全和完整。
财政部在制定电子会计凭证管理办法时，会综合考虑以下几个方面：
1. 法律法规：财政部需要参考《中华人民共和国会计法》、《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法律法规，确保电子会计凭证管理办法符合国家法律要求。
2. 行业标准：财政部需要参考国际上先进的电子会计凭证管理经验和标准，结合我国实际情况，制定适合我国的电子会计凭证管理办法。
3. 技术发展：财政部需要关注信息技术的发展，考虑电子会计凭证管理过程中可能遇到的技术问题，如数据安全、数据备份、数据恢复等，并制定相应的技术解决方案。
4. 实际操作：财政部需要了解各级财政部门和企事业单位在使用电子会计凭证过程中的实际情况，收集反馈意见，以便在制定管理办法时充分考虑实际操作需求。
5. 培训与宣传：财政部需要制定相应的培训计划，对各级财政部门和企事业单位的工作人员进行电子会计凭证管理的培训，提高他们的业务能力和操作水平。同时，还需要加强宣传工作，让更多的人了解电子会计凭证管理办法，提高全社会对电子会计凭证管理的认识和支持。
总之，财政部在制定电子会计凭证管理办法时，需要综合考虑法律法规、行业标准、技术发展、实际操作和培训宣传等多个方面，以确保电子会计凭证管理办法的科学性、合理性和可操作性。
