当一家公司的软件侵犯了您的知识产权，您可以通过以下步骤来合法应对这个问题：
1. 确认侵权行为：
- 仔细审查公司使用的软件是否与您的版权作品有直接联系。
- 检查软件的功能、界面设计、代码等是否与您的原创作品相似或相同。
- 如果发现侵权行为，应收集相关的截图、视频、文件等证据。
2. 咨询专业律师：
- 寻找专业的知识产权律师，最好是专门处理类似案件的律师。
- 准备详细的案件材料，包括侵权的证据、您的版权证明、可能的法律依据等。
- 与律师沟通，了解您的案件情况和可能的法律途径。
3. 提交投诉：
- 根据律师的建议，向相应的版权管理机构或行业协会提交正式的投诉。
- 提供必要的信息和证据，如软件的名称、版本、使用方式等。
- 跟进投诉进度，保持与版权机构的良好沟通。
4. 寻求法律救济：
- 在投诉过程中，如果对方不配合或者拒绝撤下侵权软件，可以采取法律行动。
- 律师会帮助您起草诉状，并代表您向法院提起诉讼。
- 准备好诉讼所需的所有材料，如起诉书、证据材料、证人证言等。
5. 参与调解或仲裁：
- 在某些情况下，通过调解或仲裁的方式解决纠纷可能是一个更快捷、成本更低的选择。
- 参与调解会议，尝试双方达成和解协议。
- 如果调解失败，可以选择仲裁程序，由仲裁员对争议进行裁决。
6. 执行判决：
- 如果法院判决支持您的诉求，但对方仍然不遵守判决，您可以申请法院强制执行。
- 律师会协助您准备执行判决所需的材料，如财产保全申请、强制执行申请书等。
7. 监控和防范：
- 即使解决了当前的侵权问题，也要注意监控市场上的软件使用情况，防止未来的侵权行为。
- 定期检查市场上的软件，确保没有重复出现侵权的情况。
- 加强自身的版权意识，避免未来发生类似的侵权行为。
在整个过程中，保持冷静和专业的态度是非常重要的。同时，也要有耐心，因为解决这类问题可能需要一定的时间。如果您不熟悉相关流程，建议聘请专业的知识产权律师来帮助您。
