ERP供应链系统操作中遇到的问题主要包括以下几个方面：
1. 系统兼容性问题：不同企业使用的ERP系统可能存在兼容性问题，导致数据无法顺利传递和共享。这需要企业在采购和使用ERP系统时，选择与自身业务需求相匹配的系统，并确保系统的兼容性。
2. 数据集成问题：ERP供应链系统需要将企业内部的各种数据（如生产、销售、库存等）与外部供应商、客户等进行整合。在这个过程中，可能会出现数据不一致、数据丢失或重复等问题。企业需要加强数据管理，确保数据的准确和完整。
3. 业务流程复杂性：ERP供应链系统涉及多个部门的协作，包括采购、生产、销售等环节。这些环节的流程较为复杂，容易出现信息不同步、责任不明确等问题。企业需要优化业务流程，明确各部门的职责和权限，确保信息的及时传递。
4. 技术问题：ERP供应链系统需要依赖先进的信息技术，如数据库、网络等。然而，技术更新换代的速度较快，企业可能面临技术落后的问题。企业需要关注技术发展趋势，及时引入新技术，提高系统的稳定性和可靠性。
5. 人为因素：ERP供应链系统的运行需要依赖于员工的操作和管理。员工对系统的熟悉程度、操作技能等因素会影响系统的性能和效率。企业需要加强对员工的培训和管理，提高员工的操作能力和意识。
6. 安全风险：ERP供应链系统涉及到企业的敏感信息，如财务数据、客户信息等。如果系统出现安全问题，可能会导致企业的信息泄露、损失等。企业需要加强系统的安全性，采取有效的安全防护措施，确保系统的安全运行。
7. 法规政策变化：政策法规的变化可能会影响ERP供应链系统的功能和运行。企业需要密切关注政策法规的变化，及时调整系统的设置和功能，确保系统满足法律法规的要求。
8. 成本控制问题：ERP供应链系统通常需要较高的投资成本，包括硬件设备、软件许可、人员培训等。企业需要在保证系统性能的同时，合理控制成本，实现成本效益最大化。
9. 绩效评估问题：ERP供应链系统的成功与否需要通过绩效评估来体现。企业需要建立合理的绩效评估体系，对系统的性能、效率、成本等方面进行全面评估，以便及时发现问题并进行改进。
10. 用户满意度问题：ERP供应链系统的用户主要是企业内部的员工，他们的满意度直接影响到系统的使用效果。企业需要关注用户的需求和反馈，不断优化系统的界面设计和功能设置，提高用户的使用体验。
