净化车间系统开发票的大类主要包括以下几个方面：
1. 增值税专用发票：这是企业进行税务管理和财务核算的重要凭证，用于证明企业的经营活动已经依法纳税。在净化车间系统的开发过程中，如果涉及到设备采购、工程安装等需要缴纳增值税的项目，就需要开具增值税专用发票。
2. 普通发票：这是企业进行日常经营活动时常用的发票类型，包括销售发票、服务发票等。在净化车间系统的开发过程中，如果涉及到产品销售、技术服务等业务，就需要开具普通发票。
3. 其他发票：除了增值税专用发票和普通发票外，还有一些特殊的发票类型，如运费发票、住宿费发票等。这些发票通常用于记录企业在生产过程中发生的一些非主营业务的费用支出，如运输费用、住宿费用等。
4. 收据：收据是企业在经营活动中收到款项或者提供服务时使用的凭证。在净化车间系统的开发过程中，如果涉及到与客户签订的合同或者购买的设备等，就可能需要开具收据。
5. 合同：合同是企业与合作伙伴之间达成的协议，明确双方的权利和义务。在净化车间系统的开发过程中，如果涉及到设备采购、工程安装等合作项目，就需要签订合同。合同通常会包含合同编号、合同金额、合同期限等内容。
6. 验收报告：验收报告是企业在完成某个项目或任务后，对项目或任务的质量、进度等方面进行评估的书面文件。在净化车间系统的开发过程中，如果涉及到设备采购、工程安装等项目，就需要出具验收报告。验收报告通常会包含项目名称、验收日期、验收结果等内容。
7. 培训证书：培训证书是企业在为员工提供培训服务后，由培训机构颁发的证明员工接受过相关培训的证书。在净化车间系统的开发过程中，如果涉及到员工的技能培训，就需要出具培训证书。培训证书通常会包含培训课程、培训时间、培训效果等内容。
8. 其他相关凭证：除了上述大类外，还有一些其他的凭证类型，如工资表、财务报表等。这些凭证主要用于企业内部的财务管理和核算工作。
总之，净化车间系统开发过程中需要开具的发票大类主要包括增值税专用发票、普通发票、其他发票、收据、合同、验收报告、培训证书以及其他相关凭证。在实际操作中，企业需要根据自身的实际情况选择合适的发票类型，并按照规定的程序进行开具和管理。同时，企业还需要遵守国家关于发票管理的相关法律法规，确保发票的真实性、合法性和有效性。
