在处理非法控制计算机信息系统的案件时，法官和执法机关面临着一系列复杂而棘手的问题。以下是一些可能涉及的疑难问题：
1. 证据收集与保全：如何有效地收集、固定和保管与案件相关的证据，以确保法庭能够公正地审理此案？这包括对计算机系统日志、通讯记录、电子数据等进行审查和分析，以确定犯罪嫌疑人的身份、行为模式和犯罪手段。
2. 技术鉴定：计算机系统的安全性和完整性是判断犯罪行为的关键因素。如何对被破坏的计算机系统进行技术鉴定，确定是否存在非法入侵、篡改或破坏行为？这需要专业的技术人员对计算机系统进行深入的技术分析和评估，以确定是否存在安全漏洞或被恶意软件感染。
3. 法律适用：在处理非法控制计算机信息系统案件时，如何准确适用相关法律法规？这涉及到对《中华人民共和国刑法》等相关法律规定的理解和应用，以及对特定类型犯罪（如网络攻击、侵犯公民个人信息等）的界定和认定。
4. 跨部门协作：在处理此类案件时，需要多个部门之间的密切合作和协调。例如，公安机关、检察机关、审判机关和网络安全部门之间需要建立良好的沟通机制，以便共同制定调查策略、收集证据和确保案件的顺利进行。
5. 保护隐私权：在调查和审判过程中，如何处理涉及个人隐私的信息？这需要确保在获取和使用这些信息时遵守法律法规和道德规范，尊重当事人的合法权益，并采取必要的措施保护其隐私。
6. 预防与打击：如何通过加强立法、完善技术手段和提高公众意识来有效预防和打击非法控制计算机信息系统的犯罪行为？这需要从多个方面入手，包括完善相关法律法规、加强网络安全监管、提高公众的安全意识和防范能力等。
7. 国际合作：在全球化的背景下，跨国犯罪日益增多。如何在处理此类案件时加强与其他国家和地区的合作，共同打击跨国犯罪？这需要各国之间建立有效的沟通机制和执法合作机制，共同应对跨境犯罪的挑战。
8. 社会影响与责任追究：非法控制计算机信息系统的案件对社会造成了严重的负面影响，如何追究相关人员的责任并对其进行惩罚？这需要综合考虑犯罪的性质、情节和社会危害程度等因素，依法判处相应的刑罚，以起到警示和震慑作用。
总之，处理非法控制计算机信息系统的案件是一项复杂而艰巨的任务，需要多方面的努力和协作。只有通过加强立法、完善技术手段、提高公众意识、加强国际合作等多种途径，才能有效地打击这类犯罪行为，维护社会的安全稳定和公共利益。
