在电子合同中，乙方盖章不同意是否影响合同有效性的问题，需要从以下几个方面进行分析：
1. 电子签名的法律效力：根据《中华人民共和国电子签名法》的规定，电子签名与手写签名或者盖章具有同等的法律效力。这意味着，只要电子签名是真实的、完整的，并且符合法律规定的形式，就具有法律效力。
2. 合同内容的合法性：如果乙方在合同中明确表示不同意某些条款，那么这些条款将被视为无效。但是，如果乙方只是对部分内容表示不同意，而没有明确指出哪些条款无效，那么这部分内容仍然有效。
3. 合同目的的实现：如果乙方的不同意导致合同无法实现其目的，那么合同可能被认定为无效。例如，如果乙方不同意履行合同义务，那么合同可能无法完成。
4. 双方的权利和义务：如果乙方的不同意导致合同无法履行，那么双方的权利和义务可能会受到影响。例如，甲方可能需要承担违约责任，或者乙方可能会失去已经履行的部分权利。
5. 法律适用：对于电子合同的效力问题，一般适用《中华人民共和国合同法》等相关法律法规。但是，由于电子合同的特殊性，法院在处理此类案件时可能会有一些特殊的考虑。
综上所述，乙方在电子合同中的盖章不同意可能会影响合同的有效性，但具体影响的程度需要根据实际情况来判断。建议在签订合同时，双方应充分沟通，明确各自的权益和义务，以避免因误解或争议导致不必要的损失。
