软件开发研发费用加计扣除是针对软件企业的优惠政策，旨在鼓励软件企业加大研发投入，提高自主创新能力。根据《财政部 税务总局关于完善增值税期末留抵退税政策的通知》（财税〔2020〕12号）和《财政部 税务总局关于进一步实施小微企业普惠性税收减免政策的公告》（2020年第24号）等文件规定，软件企业可以按照实际发生的研发费用的一定比例加计扣除。
具体计算方法如下：
1. 确定适用税率：根据《财政部 税务总局关于完善增值税期末留抵退税政策的通知》规定，软件企业适用的增值税税率为6%。
2. 计算可加计扣除的研发费用：软件企业应将实际发生的与研发活动相关的支出计入研发费用，包括人员工资、设备购置费、材料费、测试验证费等。对于非主营业务的研发活动，不得加计扣除。
3. 计算加计扣除比例：软件企业可以根据实际情况选择不同的加计扣除比例。目前，国家对软件企业的研发费用加计扣除比例有明确规定，如对符合条件的小型微利企业，其研发费用加计扣除比例为75%等。
4. 计算加计扣除金额：软件企业应根据实际发生的研发费用，乘以相应的加计扣除比例，计算出可加计扣除的金额。例如，如果某软件企业的实际研发费用为100万元，且选择了75%的加计扣除比例，那么该企业可加计扣除的金额为100万元×75%=75万元。
5. 计算应纳税额：软件企业在计算应纳税额时，需要将可加计扣除的金额从应纳税所得额中扣除。计算公式为：应纳税所得额=（销售收入-销售成本-期间费用-税金及附加-销售费用-管理费用-财务费用-资产减值损失-信用减值损失-投资损失）×（1-25%）-可加计扣除的金额。
6. 计算应纳增值税：软件企业在计算应纳增值税时，需要将销售额减去可抵扣的进项税额后，再乘以适用的增值税税率。计算公式为：应纳增值税=（销售额-可抵扣的进项税额）×适用的增值税税率。
总之，软件企业可以通过合理运用研发费用加计扣除政策，降低税收负担，提高研发效率，促进企业技术创新和产业升级。同时，企业应关注政策变化，及时调整经营策略，确保享受政策红利。
