在探讨代理记账公司的软件服务费应由甲方承担的问题时，我们需要从多个角度进行分析。以下内容将从法律依据、合同条款、费用性质和风险分担等几个方面进行论述：
一、法律依据
1. 《中华人民共和国民法典》：根据民法典的规定，委托合同是委托人和受托人之间达成的协议，明确双方的权利和义务。在委托合同中，如果约定由受托方负责软件的使用和维护，且该费用已经包含在委托服务费用中，那么该费用通常被视为服务成本的一部分，而非额外费用。
2. 《中华人民共和国会计法》：虽然会计法没有直接规定代理记账公司使用软件的费用归属问题，但考虑到软件是完成记账任务的关键工具，因此可以推断，如果软件服务费用被包含在代理记账服务价格之内，则该费用不应由甲方单独承担。
3. 《中华人民共和国增值税法》：根据增值税法的规定，纳税人应当依法缴纳增值税。然而，由于代理记账公司提供的是专业服务，其软件费用可能不被视为增值税应税项目。因此，这部分费用通常不在增值税的征税范围内。
二、合同条款
1. 合同中的明确约定：在签订代理记账服务合同时，双方往往会对服务内容、费用构成等进行详细约定。如果合同中明确指出软件服务费已包含在服务费用中，且未另行收费，则甲方通常无需承担额外的软件服务费。
2. 合同的补充协议：有时，双方可能在合同执行过程中就某些具体事项达成补充协议。这些补充协议可能会对费用归属产生重要影响。例如，如果补充协议中明确了软件服务费的归属，且甲方未对此表示异议，则应按补充协议执行。
3. 合同解除或终止后的责任分配：在某些情况下，如合同解除或终止后，责任分配可能需要重新协商。此时，双方需要基于合同的实际履行情况和相关法律规定来明确软件服务费的归属。
三、费用性质
1. 服务成本：代理记账公司的软件服务费通常被视为服务成本的一部分，而非额外的费用。这是因为软件是完成记账任务的关键工具，其使用和维护成本应纳入总的服务成本中。
2. 独立费用：如果软件服务费用被视为独立费用，且双方有明确的约定，则甲方可能需要承担这部分费用。然而，这种情况较为罕见，因为独立费用往往意味着额外的服务或产品。
3. 不可预见费用：在某些情况下，可能会出现不可预见的费用，如软件升级、维护等。对于这类费用，双方应根据合同约定和实际情况进行合理分摊。
四、风险分担
1. 风险识别与评估：在签订合同前，双方应充分识别并评估潜在风险，包括软件故障、数据丢失等。这些风险可能导致额外的费用支出或业务中断。
2. 风险共担机制：为了降低风险，双方可以建立风险共担机制。这意味着在出现风险时，双方应根据合同约定共同承担相应的责任和损失。
3. 风险预防措施：除了风险共担机制外，双方还可以采取其他措施来预防风险的发生。例如，定期对软件进行维护和更新，以减少故障发生的可能性；制定应急预案，以应对突发事件带来的影响。
综上所述，代理记账公司的软件服务费是否应由甲方承担，取决于多种因素。在实际操作中，双方应基于合同条款、法律依据以及费用性质和风险分担等方面进行综合考量。通过明确约定、合理分摊以及建立风险共担机制等方式，可以确保双方在合作过程中实现互利共赢。
