在探讨代理记账公司的软件服务费是否应由甲方承担的问题时，我们需要从法律角度、行业惯例以及双方的实际协商情况来综合分析。
一、法律和合同角度
1. 服务合同的性质：根据《中华人民共和国民法典》第五百零九条，当事人应当按照约定全面履行自己的义务，并遵循诚信原则。如果双方签订了正式的服务合同，那么根据合同的约定，甲方作为服务提供方应支付相应的费用。
2. 服务内容与费用说明：在合同中，通常需要明确列出服务内容、服务范围、价格以及付款方式等关键信息。如果合同中已明确规定软件服务费由甲方承担，那么甲方应遵守合同条款。
3. 违约责任：如果合同中未明确软件服务费由甲方承担，或者甲方未能按时支付费用，可能会面临违约责任。在这种情况下，甲方可能需要承担额外的违约金或赔偿损失。
二、行业标准和惯例
1. 行业内的普遍做法：在会计和财务服务行业中，许多企业倾向于自行购买和维护软件系统，而不是依赖外部的代理记账公司。因此，一些代理记账公司可能选择向客户收取软件服务费，以补偿其提供的服务价值。
2. 成本分担的可能性：考虑到代理记账公司的成本和风险，他们可能会与客户协商，将部分费用（如软件服务费）分摊。这种分摊通常是基于双方的协商结果，且不会违反合同中的任何条款。
三、实际协商情况
1. 沟通的重要性：在实际合作过程中，甲乙双方的沟通非常关键。如果双方能够就软件服务费的问题进行充分的讨论和协商，那么更有可能达成一致意见。
2. 灵活的解决方案：在某些情况下，甲方可能因为各种原因无法承担全部的软件服务费。这时，代理记账公司可以提供灵活的解决方案，例如分期付款或其他形式的支持。
四、建议
1. 合同审查：在签订任何服务合同之前，建议双方仔细审查合同条款，特别是关于费用承担的部分。如果有疑问或不确定性，应及时与对方沟通解决。
2. 提前沟通：在合作初期，建议双方就服务内容、费用结构等关键问题进行充分沟通，以便达成共识。这有助于避免未来可能出现的纠纷。
3. 专业咨询：在涉及大额交易或复杂合同时，建议双方寻求专业律师的意见。律师可以提供专业的法律建议，确保双方的权益得到充分保护。
总而言之，代理记账公司的软件服务费是否应由甲方承担取决于多个因素，包括合同条款、行业标准、双方协商以及实际情况。在实际操作中，建议双方保持开放、诚实的沟通，并遵循法律法规和商业道德。
