涉密信息系统集成资质的办理成本因地区、公司规模、服务内容等因素而异。一般来说，办理涉密信息系统集成资质的费用包括以下几个方面：
1. 申请费用：这是最基本的费用，通常由申请机构或代理机构收取。这部分费用因地区和申请机构的不同而有所差异。
2. 培训费用：为了确保申请人具备足够的知识和技能来处理涉密信息，可能需要进行相关的培训。这部分费用因培训课程和时长的不同而有所差异。
3. 审核费用：在申请过程中，可能需要提交各种文件和证明，以确保申请人符合相关要求。这部分费用因审核过程和所需文件的数量和复杂性而有所不同。
4. 年审费用：涉密信息系统集成资质的有效期为5年，因此在有效期内每年都需要进行年审。年审费用因年审内容和所需时间的不同而有所差异。
5. 其他费用：这可能包括律师费、会计师费、公证费等。这些费用因具体需求和服务提供商的不同而有所不同。
总的来说，办理涉密信息系统集成资质的费用可能在几千到几万元人民币之间。然而，具体的费用需要根据申请人的实际情况和所在地区的市场行情来确定。建议在选择代理机构时，仔细比较不同机构的价格和服务，选择性价比高的机构进行合作。
