办理系统集成涉密乙级资质的费用因地区、公司规模、项目复杂程度等因素而异，无法给出一个具体的数字。一般来说，费用可能包括以下几个方面：
1. 咨询费用：找专业的系统集成公司进行咨询，了解相关政策和流程，可能需要支付一定的咨询费用。
2. 材料准备费用：准备相关的申请材料，包括企业资质、技术实力、项目经验等方面的资料，可能需要支付一定的材料准备费用。
3. 培训费用：参加系统集成相关的培训课程，提升员工的专业能力，可能需要支付一定的培训费用。
4. 审计费用：对企业内部的管理制度、业务流程等进行审计，确保符合相关要求，可能需要支付一定的审计费用。
5. 认证费用：通过审核后，还需要支付一定的认证费用，以获得系统集成涉密乙级资质证书。
6. 维护费用：在获得资质后，需要定期进行资质复审、续期等维护工作，以确保资质的有效性，可能需要支付一定的维护费用。
总的来说，办理系统集成涉密乙级资质的费用可能在几万元到几十万元不等，具体数额取决于上述各种因素。建议在选择合作伙伴时，要充分考虑其服务质量、价格、口碑等因素，选择性价比高的合作伙伴。
