增值税税控系统专用设备的管理制度主要包括以下几个方面：
1. 设备采购管理：企业应建立设备采购管理制度，明确设备采购的预算、审批、采购、验收等流程。采购部门应严格按照采购计划和预算执行，确保设备质量符合要求。同时，企业应加强对供应商的管理，选择信誉良好、产品质量可靠的供应商进行合作。
2. 设备安装调试管理：设备安装调试是确保设备正常运行的关键步骤。企业应建立设备安装调试管理制度，明确安装调试的程序、标准和验收方法。安装调试人员应具备相应的专业技能，确保设备安装调试的质量。同时，企业应加强对安装调试过程的监督，确保设备安装调试的规范性和安全性。
3. 设备使用管理：企业应建立设备使用管理制度，明确设备的使用范围、操作规程和使用记录。操作人员应接受培训，掌握设备的操作方法和注意事项，确保设备的正确使用。同时，企业应加强对设备使用过程的监督，发现设备故障或异常情况应及时处理，确保设备的安全运行。
4. 设备维护管理：企业应建立设备维护管理制度，明确设备的维护周期、维护内容和方法。维护人员应按照设备维护计划进行定期检查和维护，确保设备的正常运行。同时，企业应加强对设备维护过程的监督，确保设备维护的规范性和有效性。
5. 设备报废管理：企业应建立设备报废管理制度，明确设备的报废条件、报废程序和报废处理。报废设备应由专业部门进行鉴定和处理，确保设备的合理处置。同时，企业应加强对设备报废过程的监督，确保设备报废的规范性和安全性。
6. 设备档案管理：企业应建立设备档案管理制度，对设备的采购、安装调试、使用、维护和报废等环节进行详细记录。档案管理人员应妥善保管设备档案，确保档案的完整性和可追溯性。同时，企业应加强对设备档案管理过程的监督，确保设备档案的真实性和准确性。
7. 设备安全管理制度：企业应建立设备安全管理制度，明确设备安全责任、安全措施和应急预案。设备管理部门应加强对设备安全工作的监督和管理，确保设备安全运行。同时，企业应加强员工安全意识的培养，提高员工的安全操作技能和应急处置能力。
8. 设备信息化管理：企业应建立设备信息化管理制度，利用信息化手段对设备进行管理。通过建立设备信息管理系统，实现设备的实时监控、数据分析和预警功能。信息化管理可以提高设备管理的工作效率和准确性，为企业提供有力的技术支持。
9. 设备培训与考核制度：企业应建立设备培训与考核制度，定期对操作人员进行设备操作培训和考核。培训内容应包括设备操作规程、安全知识和应急处理方法等。考核结果作为操作人员岗位晋升和奖惩的重要依据。通过培训与考核制度，提高操作人员的技术水平和安全意识。
10. 设备采购合同管理：企业应建立设备采购合同管理制度，明确合同的签订、履行和变更等环节。合同管理人员应加强对合同的审核和监督，确保合同的合法性和合规性。同时，企业应加强对合同履行过程的跟踪和评估，确保合同的顺利履行。
总之，企业应建立健全的增值税税控系统专用设备管理制度，从设备采购、安装调试、使用、维护、报废到信息化管理等多个环节进行规范管理，确保设备的正常运行和企业的经济效益。
