软件企业的增值税退税的计算方法主要包括以下步骤：
1. 确定软件企业的收入和成本：首先，需要了解软件企业的收入和成本情况。收入主要包括软件产品的销售收入、技术服务费等；成本主要包括研发成本、人力成本、设备折旧等。
2. 计算应纳税所得额：根据国家税法规定，软件企业需要对其收入和成本进行扣除，计算出应纳税所得额。具体扣除项目包括研发费用加计扣除、残疾人就业保障金、职工教育经费、工会经费等。
3. 计算应纳税额：根据应纳税所得额和适用税率，计算出软件企业的应纳税额。
4. 申请退税：软件企业需要向主管税务机关提交退税申请，提供相应的证明材料，如发票、合同、工资单等。主管税务机关审核无误后，将应退税额退还给软件企业。
5. 核对退税金额：软件企业收到退税款后，需要核对退税金额是否正确。如果发现有误，应及时与主管税务机关联系，核实情况并解决问题。
6. 记录退税情况：软件企业需要将退税情况记入账簿，以便日后查询和审计。
总之，软件企业的增值税退税需要经过上述步骤，以确保税收政策的准确执行和企业的合法权益得到保护。同时，企业在享受优惠政策的同时，也要遵守国家的法律法规，按照规定程序办理退税手续。
