软件系统的无形资产认证机构主要包括以下几种：
1. 国家认证认可监督管理委员会（CNCA）：这是中国最高级别的官方认证机构，负责对软件系统进行认证。其认证范围包括信息技术服务、信息安全服务、信息安全管理体系等。
2. 国际标准化组织（ISO）：ISO是全球公认的权威机构，负责制定和实施国际标准。在软件系统领域，ISO负责制定相关的质量管理体系标准，如ISO/IEC 27001、ISO/IEC 9001等。这些标准为软件系统的开发、测试、维护和改进提供了指导。
3. 中国电子信息产业发展研究院（CIDIC）：CIDIC是中国电子科技集团公司下属的专业研究机构，主要从事电子信息产业的政策研究、技术咨询和服务。CIDIC在软件系统认证方面具有一定的权威性，可以为软件系统提供专业的认证服务。
4. 中国软件行业协会：中国软件行业协会是中国软件行业的全国性社团组织，负责推动中国软件行业的发展和交流。协会在软件系统认证方面具有一定的影响力，可以为软件系统提供认证咨询和培训服务。
5. 第三方认证机构：除了上述官方认证机构外，还有一些专业的第三方认证机构为软件系统提供认证服务。这些机构通常具有丰富的经验和专业知识，能够为客户提供高效、专业的认证服务。例如，ITSS（信息技术服务标准）、CMMI（能力成熟度模型集成）等国际认证标准在中国得到了广泛应用。
6. 专业软件公司：一些专业的软件公司也提供软件系统的认证服务。这些公司通常具有较强的技术实力和丰富的行业经验，能够为客户提供定制化的认证解决方案。例如，华为、中兴等通信设备制造商在软件开发领域具有较高的知名度和信誉度。
总之，软件系统的无形资产认证机构主要包括官方认证机构、国际标准组织、专业研究机构、第三方认证机构和专业软件公司等。这些机构在软件系统的开发、测试、维护和改进过程中发挥着重要作用，为软件系统的质量和可靠性提供了有力保障。
