软件的二次开发可以申请专利。根据《中华人民共和国专利法》第二十二条的规定，新颖性、创造性和实用性是授予专利权的必要条件。对于软件的二次开发，只要满足以下条件，就可以申请专利：
1. 新颖性：软件的二次开发不能与已有的公开技术相重复，即没有在先的技术或设计被申请过。
2. 创造性：软件的二次开发需要具有独特的功能或特点，能够提供新的解决方案或改进现有技术。
3. 实用性：软件的二次开发需要具有实际应用价值，能够解决实际问题或提高生产效率。
在申请软件的二次开发专利时，需要进行以下步骤：
1. 确定专利申请类型：根据软件的功能和用途，选择合适的专利类型，如发明专利、实用新型专利或外观设计专利。
2. 准备专利申请材料：包括软件源代码、用户手册、说明书等，以证明软件的原创性和独特性。
3. 提交专利申请：将准备好的材料提交给国家知识产权局（CNIPA），并支付相应的申请费用。
4. 审查与批准：国家知识产权局对提交的专利申请进行审查，确保其符合专利法的要求。如果审查通过，申请人将获得专利证书，获得专利保护。
5. 维护与维权：在专利有效期内，企业应积极维护和维权，防止他人侵犯自己的专利权。如有侵权行为发生，应及时采取法律手段进行维权。
需要注意的是，软件的二次开发涉及多个领域的技术，如计算机科学、人工智能、网络技术等。因此，在进行软件的二次开发时，应充分了解相关领域的技术背景和法律规定，以确保申请的专利具有较高的创新性和实用性。同时，企业在申请专利时，还应关注相关政策和法规的变化，以便及时调整策略，确保专利的成功申请和有效保护。
