软件合同纠纷的仲裁程序通常需要遵循以下步骤和指南：
1. 确认仲裁协议：首先，双方需要确认是否存在关于仲裁的书面协议。如果存在，该协议将作为仲裁申请的基础。如果没有书面协议，或者协议无效或不明确，那么争议可能无法通过仲裁解决。
2. 提交仲裁申请：一旦确认了仲裁协议，双方可以通过书面形式向指定的仲裁机构提交仲裁申请。仲裁申请应包括详细的争议内容、双方的身份信息以及仲裁请求等。
3. 选定仲裁机构：根据《中华人民共和国仲裁法》的规定，当事人可以选择在中国境内设立的仲裁机构进行仲裁。常见的仲裁机构包括中国国际经济贸易仲裁委员会（CIETAC）、中国海事仲裁委员会（CAMCO）和中国知识产权仲裁中心（CIPIC）。
4. 缴纳仲裁费用：根据《中华人民共和国仲裁法》的规定，仲裁费用应由败诉方承担。具体费用标准可以在仲裁申请书中注明，或者在仲裁机构规定的范围内协商确定。
5. 准备证据材料：在仲裁过程中，双方需要提供充分的证据来支持各自的主张。这些证据包括但不限于合同文本、技术文档、通信记录、证人证言等。
6. 参加仲裁庭审：仲裁庭审是仲裁过程的核心环节。双方需要在庭审中陈述事实、提供证据、质证对方证据、发表意见等。仲裁庭将对证据进行审查，并根据法律规定作出裁决。
7. 裁决执行：一旦仲裁裁决生效，双方应当按照裁决书的要求履行义务。如果一方不履行裁决，另一方可以向人民法院申请强制执行。
8. 注意事项：在进行仲裁时，双方应尽量保持冷静、理性地解决问题。避免情绪化、过激的言论和行为，以免影响仲裁结果。同时，双方也应尊重仲裁机构的独立性和权威性，遵守仲裁程序和规则。
总之，软件合同纠纷的仲裁程序是一个相对复杂且专业的法律过程。双方在处理此类争议时，建议寻求专业律师的帮助，以确保合法权益得到有效维护。
