内部控制管理系统制度问题是指企业或组织在建立、执行和监督内部控制系统时所遇到的一系列问题。这些问题可能包括以下几个方面：
1. 制度设计不当：企业内部控制管理制度的设计与实际情况可能存在偏差，导致制度无法有效执行。例如，制度过于繁琐，增加了员工的执行难度；制度过于宽松，可能导致员工滥用职权。
2. 制度执行不力：虽然已经建立了一套内部控制管理制度，但在实际操作中，员工可能因为各种原因未能严格执行。这可能导致内部控制的有效性大打折扣，甚至出现严重的舞弊行为。
3. 制度更新不及时：随着企业经营环境的变化，原有的内部控制管理制度可能不再适用。然而，企业在制定新制度时可能缺乏足够的信息和经验，导致新制度与实际情况脱节。
4. 制度沟通不畅：企业内部各部门之间在执行内部控制管理制度时可能存在沟通不畅的问题。这可能导致各部门之间的协作出现问题，影响整体的内部控制效果。
5. 制度监督不足：企业在对内部控制管理制度进行监督时，可能存在监管力度不够、监管手段不科学等问题。这将导致内部控制管理制度的执行效果不佳，甚至出现违规行为。
6. 制度激励不足：企业内部控制管理制度的激励机制可能不够完善，导致员工缺乏执行内部控制管理制度的积极性。这将直接影响内部控制制度的执行效果。
7. 制度文化缺失：企业内部可能存在一种忽视内部控制管理制度的文化氛围。员工可能认为内部控制管理制度是“形式主义”，而忽视了其对企业运营的实际影响。
8. 制度培训不足：企业在对员工进行内部控制管理制度培训时，可能存在培训内容不充分、培训方式不科学等问题。这将导致员工对内部控制管理制度的理解不深，影响其在实际工作中的执行效果。
9. 制度评估不全面：企业在对内部控制管理制度进行评估时，可能存在评估指标不全面、评估方法不科学等问题。这将导致评估结果不能真实反映内部控制管理制度的执行效果。
10. 制度创新不足：企业可能在内部控制管理制度方面过于保守，不愿意进行创新。这将导致内部控制管理制度无法适应企业发展的需要，影响企业的竞争力。
总之，内部控制管理系统制度问题涉及多个方面，企业需要从制度设计、执行、更新、沟通、监督、激励、文化、培训、评估和创新等方面进行全面改进，以提高内部控制制度的有效性。
